A cidade em si, tida como um porto fundamental da antiguidade à boca do Nilo, foi descoberta em 2000 e os primeiros indícios foram traços do que poderia ser um templo e um porto de uma cidade afundada. Quando foi descoberta uma magnífica estátua acéfala de granito negro representando Ísis, junto com casas bem conservadas, templos, paredes, e um porto com estátuas também surgiu, ficou claro que esta tinha sido uma comunidade abastada. Ao que se acredita, ela foi destruída por um terremoto ou por outro súbito evento catastrófico similar. Este fato deve ter ocorrido no VIII século depois de Cristo, já que os artefatos de data mais recente encontrados, inclusive moedas de bronze e de ouro, são desta época. Em alguns locais, ao que tudo indica, as pessoas morreram em função do desabamento da alvenaria e o templo parece que desmoronou por si só, com as paredes todas tombadas na mesma direção. Também não se descarta a hipótese de que mudanças climáticas tenham causado elevação no nível do Mediterrâneo com lenta inundação da terra. O local onde a cidade se encontra situa-se a 6,5 km das costas da Baía de Aboukir e a seis metros abaixo do nível do mar. Entre as descobertas mais notáveis está uma estela intacta de granito preto, com 195 cm de altura, que vemos na foto acima. Ela apresenta um édito do faraó Nectanebo I (380 a 362 a.C.) impondo uma arrecadação de 10% sobre os bens gregos em favor de um templo da deusa Neith. O texto ordena, ainda, que a estela seja instalada em Heracleion-Thonis e, assim, identifica, sem dúvida, a cidade achada pelos arqueólogos, a qual foi tida antigamente como apenas uma lenda.

O historiador grego Diodoro narra como Hércules, o mítico filho de Zeus, evitou uma inundação do Nilo colocando o rio de volta em seu curso. Os habitantes locais construíram para ele um templo, o qual foi ampliado por Nectanebo I, e batizaram a aldeia de Heracleion. De acordo com Heródoto, outro hitoriador grego, ao raptar Helena de Tróia, Páris abriu velas de regresso à pátria. Ao chegar ao mar Egeu, os ventos contrários o impeliram para o mar do Egito (...) e foi dar junto à embocadura do Nilo. Havia ali um templo em honra de Hércules. Continua narrando que os escravos de Páris tornaram público o rapto de Helena, acusando o raptor diante dos sacerdotes e de Thonis, governador daquela boca do Nilo. Páris foi preso e levado à presença do faraó que, sempre segundo Heródoto, deixou-o partir mas reteve Helena e as riquezas roubadas de Menelau para devolvê-las a seu legítimo dono. Antigos textos falam da cidade como o porto de entrada para o Egito e principal posto aduaneiro à boca do Nilo, antes que Alexandria fosse fundada em 331 a.C e antes que o próprio Nilo mudasse de curso. Goddio mostrou uma imagem eletrônica do local com uma profunda faixa azul que corre próximo à cidade submersa, a qual ele afirma indicar o antigo leito do Nilo.

A equipe de arqueólogos encontrou três enormes estátuas de granito rosa: uma de Hapi, o deus do Nilo, e as outras de um faraó e de uma rainha não identificados. Elas estavam em pedaços, deitadas no fundo do oceano, perto dos restos de algumas paredes bastante grossas. Nas proximidades existia um santuário de granito, ou naos, com hieróglifos da era ptolomaica (304 a 30 a.C.) indicando que se tratava do santuário de um templo para o deus Amon, aparentemente o grande templo de Heracleion. É surpreendente o fato de que, apesar das ruinas jazerem em baixo d´água durante séculos, tenham sido encontrados restos como uma parede de 150 m de comprimento e 1,25 m de largura muito bem preservada sob uma camada de sedimento.