A tumba de Alexandre, que nunca viu sua cidade concluída, acredita-se que esteja enterrada debaixo da cidade moderna. Tumbas gregas foram descobertas em 1900, quando um burro tropeçou nelas, e arqueólogos poloneses escavaram o teatro romano, encontrado em 1959 debaixo de um cemitério muçulmano. Desde 1994 que são realizadas pesquisas submarinas que exploram ruínas submersas junto ao Forte Qaitbay e os destroços de navios gregos e romanos. A descoberta de cargas afundadas permitiu conhecer o tipo de comércio mantido por Alexandria com o Mediterrâneo no período compreendido entre o IV século a.C. e o VII século d.C. Foram achadas centenas de ânforas que transportavam vinho e óleo e cargueiros que levavam frutas.

Em maio de 1995 restos do famoso Farol de Alexandria, bem como elementos de uma estátua colossal de Ptolomeu II, foram encontrados submersos. Uma vasta necrópole grega, com mais de 240 tumbas, foi descoberta em 1996 a oeste do antigo porto, durante trabalho nas fundações de uma ponte para uma estrada nova. Embora os ladrões já tivessem roubado todas as jóias dessas tumbas, foram encontrados vasos, lamparinas e outros objetos que revelaram os costumes funerários da época. Em meados de 1997 mergulhadores localizaram mais de 2110 blocos arquitetônicos e 26 esfinges usando dispositivos de Sistema de Posicionamento Global (GPS) para mapeá-los com precisão. Posteriormente uma área com aproximadamente um quilômetro quadrado foi delimitada e o GPS ajudou na fixação, dentro de uma tolerância de 30 centímetros, da posição de mais de 1000 artefatos tais como esfinges, colunas e blocos inscritos com hieróglifos. As esfinges encontradas, como a que vemos no topo desta página, de granito, quartzito e outros materiais, são muito diferentes entre si em tamanho e aspecto, pois pertencem a faraós diferentes, de épocas diferentes. A mais antiga pertence a Sesóstris III (c. 1878 a 1841 a.C.), da XII dinastia, e uma das mais recentes pertence ao faraó Psamético III (526 a 525 a.C.), da XXVI dinastia. Todas elas são originárias de Heliópolis, ao norte do Cairo, e foram destruídas na época ptolomaica. Esse santuário egípcio muito antigo foi usado como uma pedreira. De lá foram retirados obeliscos, esfinges e todo tipo de peças faraônicas para que fossem usadas em Alexandria. Algumas delas, como obeliscos ou esfinges, foram empregadas na decoração da cidade. Outras foram utilizadas como material de construção. No mesmo ano as escavações em terra desvendaram uma imensa necrópole. Em 1998 foi resgatada do fundo do mar uma esfinge de Ptolomeu XII Aulete, pai de Cleópatra.

A remoção de modernos blocos de concreto do sítio subaquático, em março de 2001, expôs uma área nova aos arqueólogos. Nela foi descoberta uma série de enormes elementos arquitetônicos, bem como fragmentos de pernas que podem completar as estátuas colossais dos Ptolomeus e de suas rainhas encontrados nas campanhas anteriores. Ainda nesse ano as escavações terrestres revelaram uma vasta cisterna e deixaram visíveis a superestrutura do monumento relativamente bem preservada. Seu interior consiste em arcadas de colunas com capitéis antigos re-utilizados. Esta escavação faz parte de um estudo contínuo das cisternas de Alexandria, o qual já produziu resultados tangíveis na compreensão do sistema de provisão de água da importante cidade ptolemaica. Em 2002 foi localizada submersa uma porta monumental de granito de Assuão. Ainda submersa, dela foram reconstituídos, graficamente, dois batentes, um lintel curvo no estilo egípcio e também lajes com um sistema de dobradiças para uma porta dupla. Trata-se da entrada de um monumento extremamente grande, provavelmente o próprio Farol de Alexandria. Além de tudo isso, ao longo de todos esses anos, dentro da cidade foram descobertas habitações romanas e ptolemaicas, cemitérios antigos e muitas cisternas.