Na última vez em que o caixão havia sido aberto, em 1968, uma radiografia revelara um pedaço de osso solto dentro do crânio, o que alimentou a especulação de que um golpe na cabeça pudesse ter matado o rei. Mas esse antigo exame não era suficientemente sofisticado para determinar se o fragmento de osso significava mesmo um golpe na cabeça, ou apenas um manuseio inadequado do cadáver durante a mumificação. Naquela ocasião o professor R. G. Harrison, da Universidade de Liverpoll, que realizou o exame, não encontrou qualquer evidência de doença e sugeriu pela primeira vez a hipótese de crime. Ele verificou que muitos dos ossos estavam quebrados e em sua opinião isso ocorrera antes da morte do faraó. Sua conclusão foi a de que um sumo sacerdote de Akhenaton (c. 1353 a 1335 a.C.), chamado Pa-Nehesy, havia matado o jovem depois de acusá-lo de blasfêmia e heresia. Em 1992, um escritor egípcio chamado Ahmed Osman examinou as radiografias antigas e afirmou que Tutankhamon havia sido enforcado. Em seu livro Bob Brier argumenta que as radiografias revelaram uma mancha densa na parte de trás do crânio, a qual é devida, provavelmente, a um hematoma sub-dural crônico resultante de uma pancada.

Infelizmente a múmia foi dividida em pedaços quando de sua descoberta em 1922. Foram usadas ferramentas cortantes para remover a máscara de ouro do rei de seu rosto, já que ela estava presa firmemente ao corpo pela resina usada na mumificação. A cabeça foi separada do pescoço, mas apesar disso ainda se encontra bem preservada atualmente e conserva as feições do rosto. A remoção das jóias e ornamentos funerários, feita naquela ocasião, causou a fratura da pélvis e a separação dos braços e pernas do tronco. Facas aquecidas e barras de ferro foram introduzidas no corpo para remoção dos amuletos que o decoravam. Além disso, a múmia foi exposta ao fortíssimo sol egípcio na tentativa de derreter a matéria viscosa, o que lhe causou sérios prejuízos. Ao final, Carter e sua equipe reconstruíram o corpo desmembrado, arrumaram-no cuidadosamete numa caixa de madeira usada anteriormente para transporte de açucar e uniram novamente as mãos e os pés aos membros com resina. Os dedos das mãos ficaram espalhados na caixa e, em 1968, os técnicos passaram horas e horas tentando solucionar o enígma e recolocando cada um deles em sua posição original. Um dos problemas dessa situação é que os danos causados na múmia em 1922 são difíceis de serem distinguidos de eventuais danos causados durante a vida do faraó ou durante o processo de mumificação.

Antes de realizarem os atuais exames, médicos avaliaram criticamente as radiografias do crânio e da espinha cervical do faraó, tiradas no passado, e opinaram que elas não dão suporte às teorias propostas de morte homicida ou, sequer, traumática. A observação revelou uma curvatura anormal da espinha e a fusão das vértebras superiores. Essa é uma condição associada com escoliose e uma enfermidade rara chamada síndrome de Klippel-Feil, a qual faz com que os que a sofrem pareçam ter pescoço curto. A doença, que também vem associada a anomalias dos rins, coração e sistema nervoso, poderia ter deixado o rei muito frágil e sujeito a risco de dano fatal na espinha dorsal por um simples empurrão ou uma pequena queda. Cerca de 130 bengalas achadas na tumba de Tutankhamon apoiariam, sem trocadilho, a teoria de que ele teria precisado de um ajuda para se manter em pé ou caminhar. Também é provável que ele tivesse outros problemas congênitos, além daquela síndrome, os quais teriam afetado sua aparência e sua saúde em geral.

Nem todos os pesquisadores acreditam que a tecnologia possa ajudar na solução do mistério sobre a morte do faraó menino. Carter Lupton, um egiptólogo que trabalha no Milwaukee Public Museum, nos Estados Unidos, e que tem usado tomografias computadorizadas em múmias há muito tempo, não tem certeza de que o modo como Tutankhamon morreu possa ser revelado por tal tecnologia. Afinal, existem centenas de maneiras pelas quais se pode morrer e nem todas elas podem ser detectadas por um equipamento eletrônico. Se Tutankhamon, por exemplo, tiver sido envenenado, a tecnologia provavelmente não acusará e Lupton é cético quanto a possibilidade dos exames determinarem a real causa da morte do faraó. Ainda que não se encontre qualquer sinal de ferimento na parte posterior do crânio, como aquele causado por uma violenta pancada criminosa, isso não significa que ele não tenha sido assassinado.

Controvércias à parte, em março de 2005 foi divulgado o resultado dos estudos. As conclusões foram as seguintes:

• O faraó não morreu de forma violenta.
• Não há provas de que ele tenha sofrido um trauma na cabeça.
• Nenhuma evidência foi encontrada que pudesse esclarecer definitivamente a causa da morte, como uma infecção ou uma doença crônica, por exemplo.
• O osso da coxa esquerda estava quebrado e isso pode ter levado o rapaz à morte.
• Um assassinato por formas não violentas, como veneno por exemplo, não poderia ser detectado através da tecnologia empregada para o exame da múmia.

De modo geral, os exames demonstraram que Tutankhamon era um jovem bem alimentado e saudável, com cerca de um metro e setenta centímetros de altura, e que teria entre 18 e 20 anos quando morreu. A julgar pelos ossos, ele sempre gozou de boa saúde, não sofreu de desnutrição ou de doença infecciosa quando criança. Embora seus dentes estivessem relativamente em boa forma, ele tinha uma pequena rachadura em seu palato duro, a parte óssea superior da boca, mas isso, provavelmente, não deve ter afetado sua aparência. Seus dentes inferiores eram ligeiramente mal alinhados e ele tinha incisivos dianteiros grandes e a arcada dentária superior mais saliente que a inferior, característica dos reis de sua linhagem. Alguns proponentes da teoria de assassinato sugeriram que o embalsamamento fora mal feito e às pressas. Os especialistas, ao contrário, detectaram a presença de cinco materiais diferentes no processo, denotando que a múmia foi embalsamada sem pressa e cuidadosamente. Apesar de não se poder afastar a hipótese da existêcia de manobras conspiratórias envolvendo a morte do jovem faraó, também é possível que ele tenha morrido em virtude de um acidente com uma biga, ou na prática de algum esporte, ou, ainda, numa batalha. O mistério vai permanecer, talvez para sempre.