Uma autópsia foi feita naquele ano e se sugeriu que a forma contraída da cavidade do estômago indicaria que ele havia sido envenenado. Ao longo dos anos as pesquisas em documentos históricos sugeriram que o homem poderia ser um filho traidor de Ramsés III que estivera envolvido em um golpe para tirar o pai do trono. A idade da múmia ao falecer, deduzida a partir das condições das juntas e dentes do cadáver, é de cerca de 40 anos, o que é compatível com essa possibilidade. Outra hipótese é a de que ele seria um governador egípcio falecido no exterior e trazido ao Egito para o enterro. Pela maneira não convencional da sua mumificação, alguns acreditam que ele não era egípcio, mas sim um membro da rival dinastia hitita morto em solo egípcio. Nesse caso, porém, dificilmente ele seria mumificado.

Em novembro de 2008 a tecnologia foi usada como ferramenta para decifrar o mistério. Os resultados do emprego de tomografia computadorizada, raio X e reconstrução facial sugerem que se trata realmente do Príncipe Pentewere, filho mais velho de Ramsés III que, com a mãe dele, Tiy, arquitetou um plano para assassinar o faraó e ascender ao trono. O golpe foi descoberto rapidamente e os conspiradores levados a julgamento. Todos foram condenados a morte, mas Pentewere foi poupado desta sorte. Talvez em função de se tratar de um membro da realeza, lhe foi permitido praticar suicídio, o que deve ter ocorrido por ingestão de veneno. As celebrações após a morte lhe foram totalmente barradas.

Foi realizada uma reconstituição facial com o uso de modernas técnicas forenses e uma imagem em 3D do crânio foi criada. O que se revelou foi o que poderia ter sido uma face forte e bonita, com um nariz proeminente e mandíbula longa — características que não se apresentam nos hititas. O crânio e a estrutura óssea sugerem que se trata de um antigo egípcio típico. Atualmente os arqueólogos concordam que múmias geralmente são encontradas com suas mandíbulas abertas, como resultado da queda de suas cabeças para trás após a morte. O fato é que existe uma grande contradição nesta múmia. De um lado se tentou impedir que ela tivesse vida após a morte, um castigo adicional por ter feito parte de um complô de assassinato. De outro lado, o corpo foi mumificado às pressas e nem chegou a ser completamente desidratado. Métodos tôscos foram usados no trabalho. Normalmente é introduzida resina no crânio depois da remoção do cérebro. Nesse caso, a resina foi vertida na garganta do cadáver. Parece ter sido uma tentativa desesperada de preservação. Alguém influente parece ter se preocupado com o corpo e cuidou para que ele fosse mumificado, ainda que apressadamente, ao invés de ser jogado fora. Por alguma razão, alguém tentou evitar que o corpo tivesse vida após a morte, ao passo que alguém, que se preocupava com o cadáver, tentou anular esse fato. Veja também O Assassinato de Ramsés III.