Foram encontrados restos mais significativos da reconstrução do templo no período entre 825 e 550 a.C. A construção parece ter sido começada por Shoshenk III (c. 835 a 783 a.C), que erigiu um portal com um grande pilone à frente do seu novo templo. Pequenos objetos, como os vistos na foto ao lado, colocados sob os alicerces deste portão como parte do ritual de fundação de um novo edifício, os assim chamados depósitos de fundação, foram encontrados inscritos com o nome daquele faraó. Outro nome que aparece é o de Hor, um dos mais altos funcionários daquele tempo. Os alicerces dos templos daquele período eram completamente preenchidos com areia, a qual em grande parte permaneceu no lugar. Assim, seguindo o percurso da areia, foi possível traçar a planta do edifício, apesar do fato de que toda a alvenaria acima do chão tenha sido levada embora em períodos posteriores.

O templo de Shoshenk III foi aumentado pelos reis da XXVI dinastia (664 a 525 a.C.) com a adição em sua fachada de uma passagem em colunas e de outro enorme pilone com 75 metros de largura, um dos maiores conhecidos no Egito. Mas de tudo isso só resta o leito de areia das fundações e, infelizmente nesse caso, nenhum depósito de fundação foi preservado para identificar o construtor mais precisamente. É provável que essa fase tenha sido iniciada pelo faraó Psamético I (664 a 610 a.C.), que se sabe ter construído um pequeno templo na parte sul do local e um novo muro de vedação ao redor da totalidade da área sagrada. Os pesquisadores do sítio concluíram que o templo de Amon foi completamente demolido algum tempo após o final da XXVI dinastia em 525 a.C. O local sagrado foi então usado para atividades seculares, tais como a construção de fornos para cerâmica e a abertura de covas para lixo e permaneceu negligenciado até que o templo foi mais uma vez reconstruído sob o reinado de Nectanebo I (380 a 362 a.C.).

A parte traseira desse novo templo se assenta diretamente em cima da posição do templo anterior construído por Shoshenk III, mas a descoberta de um depósito de fundação de Nectanebo I no canto posterior do edifício, do qual vemos alguns objetos na foto ao lado, mostra que a estrutura inteira deve ter sido reconstruída a partir do nível do alicerce. Na fachada, o arranjo anterior de uma passagem em colunas e um grande pilone foi abandonado e, ao invés, o templo de Nectanebo I tinha um pátio retangular simples com uma parede lisa de pedra calcária de, aproximadamente, dois metros de espessura. No lado oriental desse pátio foi construído um terraço elevado de adobe como base para alguma espécie de capela e ao oeste do templo uma fundação separada parece ter sido destinada a uma Capela do Nascimento (mammisi). Um relicário de granito foi colocado no santuário, mas nunca recebeu qualquer inscrição e fragmentos dele ainda são visíveis no local. Ao que parece o projeto do templo na XXX dinastia (380 a 343 a.C.) era tão ambicioso que nunca pode ser terminado. Pela evidência das covas para lixo abertas na área do adro de templo, parece que ele deve ter deixado de funcionar no final do Período Ptolomaico em 30 a.C.